Life
Фосфатная метка ускорила CRISPR-тест на герпес в лабораторной проверке
Публикация:
Phos-CRISPR сравнили с ПЦР на 37 клинических мазках. Реакционный этап занимал 20 минут; выделение ДНК в этот срок не входит.
В Advanced Science описан Phos-CRISPR: вариант молекулярного теста на ДНК вируса простого герпеса первого типа. Команда изменила небольшую репортёрную цепочку ДНК, по расщеплению которой регистрируется свечение. Сам белок Cas12a при этом не перестраивали.
После распознавания целевой ДНК Cas12a начинает разрезать репортёрные молекулы, разделяя светящуюся метку и её гаситель. Фосфатная группа на конце репортёра ускорила накопление сигнала. В этой работе CRISPR служит лабораторному обнаружению ДНК, а не лечению или редактированию генома пациента.
Авторы сократили реакционный этап до 20 минут: по 10 минут на предварительное размножение целевой ДНК и CRISPR-обнаружение. До этого из мазков выделяли ДНК отдельным набором. Поэтому заявленное время не описывает весь путь от взятия образца до готового ответа. Свечение считывали лабораторным прибором.
В проверку вошли 37 обезличенных клинических мазков. По сравнению с количественной ПЦР тест обнаружил 25 из 26 положительных образцов. Все 11 ПЦР-отрицательных мазков получили отрицательный результат; один положительный образец был пропущен.
Такой набор показывает работоспособность подхода в конкретной лабораторной проверке. Небольшое число отрицательных образцов не позволяет считать отсутствие ложноположительных результатов обещанием безошибочной работы на большой популяции. Порог положительного ответа в этой работе задавали по сигналу отрицательного контроля. Нужны более широкие и независимые проверки.
Ускорение относится к сравнению с CRISPR-тестом со стандартным репортёром. Оно связано с химией сигнальной молекулы и условиями реакции. Перенос подхода в повседневную диагностику требует отдельно проверить обработку образцов, воспроизводимость и полный рабочий процесс.
Целевой поиск вирусной ДНК решает определённый лабораторный вопрос. Разбор биомаркера и диагноза помогает оценить границы измерения. Материал о метагеномном секвенировании объясняет другой подход к поиску возбудителей в смешанном образце.