Life
Нанопоровое секвенирование проверили на 20 детских опухолях мозга
Публикация:
Один анализ дал данные о вариантах ДНК, числе копий её участков и метилировании. Совпадение с привычными методами зависело от типа результата; высокий балл классификатора сам по себе не гарантировал правильную классификацию.
Шведская команда сравнила длинные чтения ДНК с короткочитающим секвенированием и анализом метилирования на микрочипах. В ретроспективную работу вошли 20 образцов от 20 детей с глиомами, эпендимомами и медуллобластомами. Для исследования отобрали замороженные ткани с уже доступными результатами обычного диагностического обследования.
Из одних нанопоровых данных авторы оценивали малые генетические варианты, перестройки, число копий участков генома и метилирование ДНК. Последнее помогает различать молекулярные классы опухолей. Такой подход потенциально объединяет несколько слоёв информации в одной процедуре, но каждому слою нужна собственная проверка.
Основной нанопоровый алгоритм дал точные совпадения с высоким уровнем уверенности для 53 из 78 клинически значимых малых вариантов, обнаруженных короткими чтениями. После дополнительного компьютерного и ручного разбора свидетельства наличия варианта нашли для 74 из 78. Вторая оценка включает поиск уже известных расхождений и не равна результату исходного автоматического анализа. Большая часть целевых вариантов приходилась на ограниченную часть образцов, особенно на два случая с большим количеством мутаций.
Классификаторы метилирования согласованно распознавали эпендимомы, медуллобластомы и пилоцитарные астроцитомы, хотя часть результатов не достигала собственных порогов уверенности алгоритмов. Для диффузных глиом расхождений было больше. Высокий балл классификатора не всегда означал совпадение с диагнозом, а пороги разных моделей нельзя считать одной общей шкалой.
Авторы также вычислительно уменьшали объём уже полученных данных. Классификация часто сохранялась при меньшей глубине чтения, что указывает на возможность сокращать работу прибора. Оценки быстрого результата рассчитаны по завершённым запускам; срок от получения образца до клинического заключения в реальном потоке пациентов здесь не измеряли.
Выборка мала и охватывает выбранные группы опухолей. Сравнение крупных перестроек дополнительно осложнялось различиями алгоритмов и пространственно различными образцами опухоли. Работа показывает перспективы объединённого анализа, а стандартизация и проверка на большем числе новых пациентов остаются следующим этапом.
Обнаружение изменения ДНК и его клиническая интерпретация требуют разных доказательств. Разбор генетического варианта и диагноза объясняет интерпретацию. Другой пример работы с нанопорами представлен в материале об адаптивном выборе ДНК при чтении.